闽台中医药文化文献研究中心创建于1987年4月，其前身为“台湾中医研究室”。2006年6月，学校在研究室的基础上，统筹各方面科研力量，成立闽台中医药文化文献中心，为发挥闽台中医药互补的优势，参加海峡西岸经济区建设，打造学校特色研究、品牌研究奠定了基础。2009年，闽台中心顺利通过福建省教育厅组织的专家验收，成为福建省教育厅优秀社科人文基地，并将“闽台中医药文化研究”确立为长期研究方向。

     以闽、台中医药历史文化与学术流派为研究对象，分别从历史、哲学、人文、社会等多维度地探讨闽台这个区域对整个中医学发展的影响，并对闽台中医药发展历程与规律进行思考与探源。中心大量搜集闽台中医药文化文献，运用哲学、社会科学、历史学、情报学、计算机技术等多学科理论方法和技术研究。在大项目框架下，主要围绕以下4个方面开展研究工作：闽台中医药文献研究；闽台中医药历史文化与学术流派研究；闽台医家学术著作整理及学术思想、特色研究；计算机技术在文献数据管理和开发上的应用研究:闽台中医药特色数据库

     中心占地500多平方米，拥有过万册纸质港台图书，百余种纸质港台杂志；近5千册盛国荣教授捐赠的中医药图书；收藏线装古籍图书2182种，计11673册。同时拥有中国基本古籍库、福建地方志数据库、中医古籍数据库、闽台中医药特色数据库等电子资源。中心现有专兼职研究人员8人，获得科研项目近百项，获奖成果20多项。中心积极架设海峡两岸中医药学术交流窗口，拓展海峡两岸中医药界间的交流渠道。

     闽台中医药文化文献研究中心充分发挥近年来福建中医药大学学科发展优势，调整专兼职研究队伍，不断提升闽台中医药文化文献研究的科研水平与服务水平，继续打造具有浓厚地方特色的中医药文化文献研究基地，不断推出新的科研成果和调研报告，服务于海峡西岸经济区建设、海峡两岸文化交流与祖国和平统一大业的大局。中心以人才培养和服务社会为目标，为国家和福建省相关部门的闽台医疗卫生、文化建设政策提供咨询服务和文献服务，已经成为在全国具有一定影响的区域性中医药文化文献资源中心、研究中心、学术交流中心。