闽台中医药文化文献研究中心前身为“台湾中医研究室”，创建于1987年4月。2006年6月，学校在研究室的基础上，统筹各方面科研力量，成立该中心。它是福建省教育厅优秀社科人文基地，以闽、台中医药历史文化与学术流派为研究对象，分别从历史、哲学、人文、社会等多维度地探讨闽台区域中医学发展的影响，并对闽台中医药发展历程与规律进行思考与探源。
中心占地500多平方米，拥有1.5万册纸质港台图书，纸质港台杂志1000余册；盛国荣教授捐赠的中医药图书4000余册；收藏线装古籍图书2300余种，计12000余册。同时拥有中国基本古籍库、福建地方志数据库、中医古籍数据库、闽台中医药特色数据库等电子资源。中心现有专兼职研究人员8人，获得科研项目近百项，获奖成果20多项。中心积极架设海峡两岸中医药学术交流窗口，拓展海峡两岸中医药界间的交流渠道，为国家和福建省相关部门的闽台医疗卫生、文化建设政策提供咨询服务和文献服务。
中心热忱欢迎校内外研究人员参观指导。