福建中医药大学图书馆创办于1958年，现设有采编部、流通部、技术部、文献检索与教学部、办公室等部门，以及中国中医药文献检索中心福建分中心、闽台中医药文化文献研究中心等2个中心。经过60多年的发展，图书馆“淀积资源、传播文化、交流学术、服务师生”的职能日益彰显，形成了纸质文献与电子文献齐头并进的馆藏格局。截至2024年9月，纸质资源总量154万册（其中线装古籍图书2339种，共计11990册）；电子图书140万册，电子期刊81万册，中外文数据库40个。文献资源基本覆盖了学校的各学科领域，为学校的教学科研和学科建设提供了信息资源保证。
文献检索与教学部由“中国中医药文献检索中心福建分中心”和“文献信息组织与检索教研室”组成。中国中医药文献检索中心福建分中心是具有国家中医药管理局和福建省科技厅双重认定，在全国同行业中较有影响的中医药查新咨询机构，承担着全省中医药、中西医结合课题成果的查新检索服务。“文献信息组织与检索教研室”承担了学校本科生与研究生3门课程的教学任务，其中《文献信息检索》课程获省级精品课程及省级精品在线开放课程，《医学文献检索与利用》课程，获省级研究生教育精品课程。所有课程均已在“中国大学MOOC”、“学银在线”、“学堂在线”等平台上线运行。
“闽台中医药文化文献研究中心”创建于1987年4月，目前收藏有纸质港台图书1.5万册，纸质港台期刊116种1355册；盛国荣教授捐赠的中医药图书4000余册，杂志6000余册。中心还拥有中医古籍数据库、闽台中医药特色数据库等电子资源，居全国领先地位，有力支持了我省的闽台中医药特色研究。中心主要研究方向包括闽台中医药文献的搜集与整理、中医药文化与中华文化在台湾的传承、闽台中医药文化在海外（侧重东南亚）的传播与发展等三个方面。
图书馆秉持“以人为本”“人性化服务”的理念，依托“超微新一代图书馆服务平台（LSP）”，基于RFID技术，辅以自助公共图书检索机、自助借还书机、移动图书盘点车等，打造图书自助借还系统；整合校园一卡通的使用，延伸至道闸门禁系统、自助文印系统、自助座位预约系统；部署瀑布流电子借阅、朗读亭等产品，实现互联互通、开放共享服务。馆内开辟文化小区、研究小区、信息共享区、主题展区、创客空间、研学空间等功能区域，极大地提升了读者的阅读体验。除提供书刊借阅、检索咨询、科技查新等多种服务外，通过校园VPN及CARSI身份认证，满足读者在校外访问学术文献数据资源的需求，实现“图书馆没有障碍，图书馆无处不在”的服务愿景。